图坦卡蒙也是近亲结婚导致的。因图坦卡蒙墓地偏远狭窄，这个墓室未被盗墓贼光顾，有许多资料在此保留，为有关考古工作，提供了大量材料。其中一个重要内容是墓中出土的一具年轻女性木乃伊，她身上穿着一件黄色长袍，头发已经被剪掉很多段，显得十分瘦弱。不过，考古学家发现，少年法老的死并非常态，因此，关于其死亡原因，亦有不少争论。
据有关研究表明，图坦卡蒙9岁登基，一共统治了10年，19岁时不幸逝世。他死后留下的遗物有很多珍贵的文物和艺术品。并在图坦卡蒙统治时期与亲妹妹结婚，这段姻缘关系广泛存在于古埃及历代，图坦卡蒙自己深受影响。

近亲后代
通俗地说，图坦卡蒙也是近亲婚配后代，以致于自己出现了畸形足、龅牙以及某些女性特征，他与王后的子女都早夭了。他的母亲是位漂亮姑娘，但在与国王的一场战争中，她被杀死了，而他却成为了一个孤儿。因此，科学家判断，家族遗传病可能是导致其早逝的重要因素。
图坦卡蒙可能被谋杀
同时相关研究也得出了，图坦卡蒙可能是被谋杀，由于他头骨上的一小片已松脱，看上去像是重力击打所造成，然而，杀死他的策划者，到目前为止，还没有人能作出确切的评判。
有人说旧臣阿伊为夺位而残酷地杀死了图坦卡蒙。这个说法并不准确。但事实上阿伊和图坦卡蒙之间却是外祖与外孙之间的联系，加之阿伊年事已高，不需要搞谋杀图坦卡蒙叛乱。另外，嫌疑人也不少，均因证据不足，不能“立案”，同时也给图坦卡蒙的死亡蒙上神秘色彩。
伤口感染
直到今天仍被一些人所相信，图坦卡蒙腿上伤口被传染，同样可能会造成其死亡。这种说法是错误的，因为他在战争时期一直驾驶着自己研制出的战车，而且当时他已经是一名优秀的士兵了。但科学家认为，图坦卡蒙的腿部畸形，他完全没办法开战车，因此，不会发生因事故而造成腿部重伤的情况，并且这也需要进行相关记载，且史书上也无同类资料。迄今图坦卡蒙死亡原因尚未查明。由于图坦卡蒙生活在3000多年前的古埃及，我们所能得到的资料总是有限的，于是，科学家力图在许多方面恢复那个时代，寻找图坦卡蒙确切死亡原因，恢复其早逝事实。