现在还没有可靠的证据证明拉美西斯二世就是《出埃及记》中的法老，将调查结果和圣经联系在一起，会发现很多不同。

古埃及和圣经的关联
专门有人在进行古埃及和圣经关联的研究，他们最常提到的就是《出埃及记》，曾经被认为事件中的法老就是拉美西斯二世。当然，这只是人们的主观猜测，至少没有证据来证明，拉美西斯二世能够和《出埃及记》联系在一起。我们只知道当时的以色列人，他们劳作的城市是拉美西斯建立的。
神秘消失的长子
曾经有人认为，拉美西斯的长子神奇的消失了，这跟《出埃及记》中记载的被神杀死不谋而合，他们将拉美西斯的长子和《出埃及记》联系在了一起。可是后来的考古学家认为，拉美西斯的长子极有可能只是改了名字，他并没有真正的从历史上消失。
对石碑的考证
也有一些埃及的考古学家认为，他们对“胜利石碑”的考证足以证实，拉美西斯的儿子就是《出埃及记》中记载的那位法老。这块胜利石碑首次提到了以色列，之前以色列并没有出现在各种文献中，直到这次人们才知道以色列是一个民族。
相关的其他猜测
考古学家针对《出埃及记》的法老人选，提出了很多他们的设想，其中有考古学家认为，哈特谢普苏特女王极有可能也是记载的法老。当然一些考古学家也提出了不同的想法，他们认为《出埃及记》并不是针对某一时期的记录，而是将各个时期的事情混合在一起，极有可能是在真实的基础上进行改编的，就像是神话一样。