阿拉伯帝国的统治是非常不稳定的，他的内部还有派别的区分，逊尼派和什叶派千年以来争斗不断，主要还是因为他们二者有着不同的信仰。
古埃及的历史长河中，有一个非常重要的关键节点是在公元6世纪时，当时的那个时代可谓是发展过程中一个最糟糕的时代，它里面充斥着各种各样的战争，饥荒以及侵略，非常的不太平。阿拉伯人侵略了埃及，他们将埃及成功地纳入伊斯兰教这个文化圈当中，从此，也让埃及与欧洲之间产生了更大的文化隔阂。埃及的一些教徒们对外国的宗教观点，保持一个开放的态度。

亚历山大城市还成为了一个具有多元化的文化中心，让不同信仰和不同宗教的人，在那里一起生活着。他们之间也在互相吸取着不同内容信息，由于多个世纪以后埃及人被逐渐边缘化，他们也被逐出了教会，与其他基督教派产生分裂。
那些人似乎早已习惯了外国的入侵者，但阿拉伯人的入侵似乎带有了某种政治前提，还有一些宗教目的，阿拉伯帝国就在不断地被侵略当中发展的极其不稳定，不断产生各种变化。在1171年的时候，大部分的埃及人都是非常崇尚逊尼派的，有很多埃及人都是他们的信徒，最早期的阿拉伯王朝其实都是逊尼派。
但在10世纪的时候，征服埃及的君主却是什叶派的信徒，这两个派别之间在私底下还争斗了上千年，陷入了无止无休的纷争当中。当其他多个民族的文化宗教彻底入侵了埃及之后，不仅摧毁了神庙还破坏了不少埃及人的信仰，在这样的背景之下，人们才开始逐渐信仰起了伊斯兰教。