自从进化论建立以来，一直有很多争论。虽然进化论至今仍然站得住脚，但这些争论也证明了进化论确实有不足之处，在这些缺点中有些问题最令人费解。

进化论指出，生物根据环境条件的不同，一代一代进化出不同的形态。因为环境不同，所以有不同的生物，但是我们都有同一个祖先。一百年来，人们一直在争论这个问题。根据实验过程和结果，科学家米勒进行了模拟实验。认为地球早期闪电形成的有机物不断发展形成有机多聚体，有机多聚体会自发聚集形成聚集体并具有繁殖、生长等生命现象，然后逐渐形成单细胞。虽然这个实验看似合理，但是要形成足够的有机物是非常困难的，实际成功概率很低，实现起来非常困难。
达尔文的进化论过分强调了从一个物种到另一个物种的过渡。举个例子，如果进化论认为鸟类是逐渐进化成爬行动物的，在这个过程中，生物是逐渐变化的，没有上一代还在天上飞，那么下一代就会没有翅膀，只能是爬行动物，这就意味着物种的过渡期非常缓慢。所以在这个缓慢的过程中，会有过渡生物，但不可能找到足够多的过渡化石，所以进化论受到了质疑。
况且这个过渡期也不能解释寒武纪生物大爆发，从大约5.42亿年前到5.3亿年前，2000多万年间寒武纪地层中突然出现了各种无脊椎动物化石。而在更早、更老的地层中，长期没有发现明显的祖先化石，被古生物学家称为“寒武纪生命大爆发”，简称“寒武纪大爆发”。这种生物物种的大规模增长与达尔文进化论所持的观点大相径庭。虽然许多科学家有不同的解释方法，但他们仍然无法在这个问题上取得统一的一致意见。