这个深湖的形成与地球的地壳运动密不可分。学过地理的朋友可能知道，地球的板块是不断运动的。这些移动的板块会形成山谷、山脉、湖泊和其他地形。

大约11亿年前，世界上所有的陆地聚集在一起。这片土地被科学家称为超大陆，学名为罗迪尼亚超大陆。后来随着地壳运动的加剧，这块大陆被分离出来，逐渐漂流到世界各地，形成了现在的亚洲、非洲、美洲等地区。当两个板块碰撞时，接触的地面会因为压缩而形成一座山。比如中国的喜马拉雅山就是欧亚板块和印度洋板块挤压形成的隆起。
如果一个板块由于地壳运动而裂开，将有可能形成两种地质构造。没有水的地方，这个裂谷就会形成东非大裂谷，比如东非大裂谷。在有大量水的地方，这个裂缝会形成一个深湖。正如我们所知，贝加尔湖是由足够的水在板块裂缝中积聚而成的。从地形图上看，贝加尔湖位于亚欧板块和阿穆尔板块之间。亚欧板块向东移动，阿穆尔板块向西移动。相反贝加尔湖的裂缝不断被撕开，导致其深度不断延伸。但由于板块运动缓慢，贝加尔湖的深度并没有迅速增加，这种现象实际上并不会影响当地的生态。
在古书中，贝加尔湖被描述为一片汪洋，也提到了许多生活在其中的奇特动物。裂谷形成时，大量海水涌入这片区域，一些海洋动物游到这里生活。但随着地壳的变化，河口被堵住，整个贝加尔湖失去了与海洋的联系。生活在其中的海洋动物，包括海豹和其他动物，将永远无法回到海洋中。
后来，周围的河流流入贝加尔湖的咸水，湖水逐渐变成了淡水，那些海洋动物进化适应了淡水环境。