沈阳故宫，作为清军入关前的皇宫，在明清交际有着重要的历史价值。但由于当时战乱，沈阳故宫里掩藏着许多不为人知的秘密。关于它在历史上未被揭示的4个谜团，每一个都掩藏着历史的痕迹。

其一是努尔哈赤仓促迁都沈阳，本是打算在辽阳修筑宫殿，却在1625年的一日早朝提出迁都的决策，由于此事即为仓促而被不少人反对，但是拗不过努尔哈赤的强烈主张，于是迁都沈阳。传说是因为努尔哈赤深信风水之说，认为其为了“龙脉”而在风水先生的建议之下提出的迁都决策。尤其沈阳临近浑河与辽河，在地理位置上而言，真的不可谓不是一片“风水宝地”。努尔哈赤作为一名优秀的政治家，迁都沈阳也是由于当时的政治环境，迁都沈阳有助于避免当时不断激化的满汉矛盾。
其二是修筑沈阳故宫的人，在《侯氏总谱》的记载上，可以说明侯振举此人与沈阳皇宫的修筑者有着不可分割的关系。他参与了故宫琉璃瓦的烧制，还因此得了工部官员的职位，所以说此人是明确参与了，但是其他的负责人却因为史料的缺失，至今无人知晓。
其三是关于沈阳故宫何时开始修建，虽说在《侯氏总谱》上，有记载部分沈阳故宫的信息，可以初步判断沈阳故宫是与1624年开始修建的。但是仍有部分学者认为在当时的社会背景下，沈阳故宫的修建不会在如此仓促的时间段开始。
其四是沈阳故宫的部分修建，努尔哈赤是否参与，有待商议。努尔哈赤是否参与修建，也是被众多历史学者所争论的。有史记载，努尔哈赤当时一直居住在故宫北门附近，并未住进沈阳故宫，因此可以合理推测，当时沈阳故宫并未修建完成。如此庞大的一项工程，仓促离世的努尔哈赤，是否参与进去成为谜团。然根据皇太极的历史记载，可以反推沈阳故宫修筑完成的时间最迟也是在1626年的10月，因此努尔哈赤应当是有参与十王亭的修建。