菩提祖师在西游记当中一直是比较神秘的一个人物，他的出场很短暂，只有很短的篇幅。似乎菩提祖师的出现只是为了传授孙悟空术法神通，而关于菩提祖师的来历则是一个谜团，人们对于菩提祖师和如来的关系同样有着诸多的猜测。

《西游记》和《封神演义》这两本文学典籍有着很深的渊源，两者之间的神仙也有一定的共通之处。在西游记当中，我们都知道如来是西方佛国的领袖，而在封神演义当中，混鲲老祖门下有两大弟子，一个是准提道人，一个是接引道人，两人曾经创立了西方教，分别担任大小教主。

而如来对应的就是其中的接引道人，其后来创立佛教。而菩提祖师，则是自立门户，收徒传道，不理人间世事。我们都知道，菩提祖师是一个融汇佛道两家的人物，而西方教的存在就是一个似佛非佛的道教，更别说后来开创了道教的如来。因此我们能够知道，菩提祖师就是准提道人。

菩提是准提道人，其和如来的关系就是师兄弟的关系，都是混鲲老祖的门下弟子。在中国民间神话当中，准提道人和接引道人建立的西方教，就是后来的大乘佛教。而太上老君将多宝道人送到西方建立小乘佛教，分大乘佛教气运。于是后来西方教并入或者说化成佛教，因此接引道人就更名为如来佛祖统领佛门弟子，准提道人则是改名为菩提祖师，退隐山林修身养性。

在小说中对菩提祖师隐居的地方的描写是“灵台方寸山，斜月三星洞”。这句话有着很深的含义，头一句首尾两字是灵山，斜月三星指的是天上之物，两者合起来就是天上灵山。暗示菩提祖师原本是和如来一起的。所以菩提祖师和如来两人之间是师兄弟的关系。