主刺盖鱼是一种中等体型的珊瑚鱼，它是盖刺鱼之中最为典型的亚种，因为鳃盖边缘长有一枚向后的棘状刺而得名，和刺尾鱼一样，它的鳞片颜色大多极为鲜艳，并且背鳍和腹鳍都是向后延伸成蝴蝶翅膀状，常年在珊瑚礁上啃食藻类或者海棉。

主刺盖鱼是一种典型的盖刺鱼类，因为和蝴蝶鱼有着很近的亲缘关系，所以它的外形也非常像扬幡蝴蝶鱼，它们整体看起来都像是一个菱形，但实际上主刺盖鱼的躯干是呈现卵圆形，只是它的鱼鳍连成了条状，并且后端延伸出蝴蝶翅膀状，所以才看起来像蝴蝶鱼，它的嘴巴虽然也是略尖的，但是上翘的幅度更大。

主刺盖鱼的全身也像蝴蝶鱼一样，长有非常显眼的条纹和色彩，最常见的颜色就是全身底色为深蓝紫色，不过在尾巴基部和背鳍、躯干的部分则布满了横向的明黄色细条纹，而且它的脑袋两侧都长有非常类似面罩状的蓝紫色斑纹，尤其是嘴巴呈现浅紫色，尾巴则全部呈现明黄色，下身颜色较深。当然最为独特的还是主刺盖鱼的鳃盖骨上长有一根棘状刺，能在危险时保护自己。

主刺盖鱼幼年其实大多是模拟珊瑚礁上的海棉等生物，全身都遍布白色的弧形条纹，在尾巴的根部还形成了同心圆状，不过这也是为了伪装自己，它们和大部分珊瑚鱼不同，在成年后就很少组群，基本上都是成双成对或者单独活动，在白天大多躲藏在石缝之中，到了夜晚才会开始觅食，最喜欢吃海底的海棉、水藻等生物。

主刺盖鱼和其他刺盖鱼一样，都是一夫多妻制，所以只有在每年的8-9月份，它们才有可能会出现群体生活的现象，不过大多都是一雄带多雌，它们会在上升的水流中螺旋的环绕游动以此来完成交配，之后雌鱼产下鱼卵，鱼卵就会独自漂浮在海水中几个星期，最终孵化。