食虫虻是昆虫中的顶级掠食者，几乎能够以所有飞行类昆虫为食，主要是通过注入消化液来分解猎物的肌肉，因此就连体型大它数倍的蜻蜓，它也可以轻松偷袭将其致死，因此基本上没有天敌，但是走出昆虫界时，鸟类可能会成为食虫虻的一大威胁。

食虫虻几乎可以称之为昆虫界的噩梦，不管是大型的蜘蛛、蜻蜓，还是小型的蚊子等，几乎它都能将其捕杀，并且几乎都是不费吹灰之力的，因为它的捕食方式尤其特别，很像蜗牛的天敌萤火虫的做法，它主要是偷偷的将口器刺入猎物的体内，并且注入消化液样的物质，最终猎物就会逐渐被溶解，从而供食虫虻安心的食用，即使是甲虫这样坚硬的外壳，它也能找到壳之间的缝隙下嘴，所以可以说食虫虻几乎是所有昆虫的天敌。

虽然在昆虫界几乎谁也困不住它，但是鸟类这种天生对昆虫起到克制作用的生物，很少会败给食虫虻，毕竟食虫虻虽然是蝇类生物中最大的，但体长也只有8厘米而已，仅仅只有中大型鸟类的一根脚爪长，所以这也使得食虫虻直接就会被中大型鸟类啄食，就像毛毛虫一样无法反抗。

不过鸟类中也有一种体型极为小巧的物种，它就是蜂鸟，据生物界统计，曾经发生过大型食虫虻捕食蜂鸟的事件，毕竟蜂鸟只有6-12厘米左右，也就是说有部分蜂鸟甚至比食虫虻更小，而这样的蜂鸟被食虫虻注射消化液之后，也是无能为力的，就连螳螂也能够捕食它，因为蜂鸟是整个世界上最小的鸟类，所以它并不能称为食虫虻的天敌。

食虫虻虽然是一种非常凶猛的昆虫，但是它并不会主动攻击人，一般来说咬人的蝇类生物都是牛蝇等，它们虽然爱吃肉，但主要的食物还是便于捕捉的蚊子、苍蝇、蜜蜂等小型昆虫，当然蜻蜓这种大型昆虫偶尔也是会捕捉的。