蓝鲸的祖先是巴基兽，又被称为巴基鲸，诞生于5200万年前的始新世时期，主要生活于浅海附近的陆地上，有着非常明显的陆地哺乳动物特征，颅骨像狼或者狗，而它的四肢也还没有退化为鳍状，偶尔会下水捕鱼，拥有着和现代鲸鱼类似的内耳骨结构。

不管是蓝鲸，还是虎鲸，几乎所有的鲸下目动物的祖先都是巴基兽，它被认为是最古老的现代鲸类祖先，也就是说海豚的祖先也是它。不过它虽然也属于鲸下目，但是它并不是水生动物，不仅会捕食小型陆地生物，也会偶尔下海捕鱼，当然也可能会吃少量的植物果实等，看起来和现代的鲸鱼完全没有任何的相似之处，不过科学家发现它的内耳骨结构几乎完全和现代鲸鱼相同。

作为蓝鲸最源头的祖先，它几乎完全保留了陆地哺乳动物的全部特征，整体看起来就像是黄鼠狼或者犬科，吻部呈现锥形，主要利用四足行走，四肢都是指爪状，尾巴细长，全身长有浓密的毛发，不过它的内耳骨、臼齿上出现的锯齿、折叠的中耳等特征都和现代鲸鱼没有太大的差别，而这些都是为了方便水下活动，避免水部压力而演化来的。

很多人肯定都有疑问，为什么巴基兽好好的不在陆地上，偏偏要到海中捕食了，其实也是生活所迫，巴基兽在始新世时期进化的并没有其他奇蹄目动物成熟，所以它获得的食物也非常有限，加上环境变化，从而使得它们被迫下海狩猎，于是在700万年之后它就进化为了游走鲸，也逐渐找到了自己的生态位，游走鲸的前肢退化，后肢则进化为鱼鳍状，尾巴呈现船桨状，游动的速度变得更快。

为了适应水中的饮水，鲸类的鼻孔也进化的越来越靠后，这也是现代鲸类的喷水口的前身，等到第五次物种大灭绝的时候，鲸类顽强的存活了下来，经过800万年前的进化，最终成为了龙王鲸，之后又来全球冰河时期到来，最终龙王鲸灭绝，才有了现代鲸类，也演化出了各种类别，蓝鲸就是其中之一，所以巴基兽属于蓝鲸的最终祖先。