蜥蜴的祖先是一种2.4亿年前的古老爬行动物，它的化石出土于意大利的多洛米蒂山脉的岩石之中，经过国际生物学团队的研究之后发现它的骨骼等都和现代蜥蜴类似，并且比之前发现的最早期蜥蜴要早出现7500万年，正好符合有鳞目动物诞生的时间。

很多人都认为蜥蜴的祖先是恐龙，因为它们的外形极为相似，但实际上蜥蜴和恐龙属于完全不一样的两个分支，根据目前的化石发现，蜥蜴所属的有鳞目动物中，最早期的化石出土于侏罗纪中期的地层，也就意味着有鳞目动物很可能是2.57亿年前诞生的，因为分子遗传学的原理认为物种出现的时间比化石要早上7千万年，也就是二叠纪末期，这似乎比大部分的恐龙出现都还要更早，所以蜥蜴的祖先绝不可能是恐龙。

当我们知道了最早的有鳞目动物诞生于2.57亿年前之后，当然还需要寻找一些化石证据的支撑，但是在很长一段时间内这一模块都是空白的，直到意大利出土了一种古老的爬行动物-Megachirella wachtleri后，才终于填补了有鳞目爬行类的进化史，经过骨骼分析后发现它诞生于2.4亿年前，刚好吻合有鳞目动物诞生的时间，并且它的身体特征与蜥蜴更为类似，所以蜥蜴的祖先很可能就是这一物种。

不过让科学家存在一定疑问的是，2.4亿-2.5亿年之间正好是二叠纪末期，已经无无限接近物种大灭绝的时候，那么有鳞目动物的祖先到底是如何在这场灾难中存活下来的了。不过这一类似蜥蜴的化石也让科学家了解到了重要的有鳞目演化的过程，科学家还由此绘制出了有鳞目动物的演化树，最终发现壁虎虽然体型较小，但实际上它的出现时间比大部分蜥蜴都还要更早。

最普遍的说法就是蛇是蜥蜴演化而来的，也就是说它们有着共同的祖先，但蛇和蜥蜴并不是平级关系，蛇的祖先也包括蜥蜴，因为蛇在数万年前是有脚的，就像今天的蜥蜴一样，不过科学家目前认为蛇可能是从海蜥蜴或者穴居蜥蜴等进化而来，观点不一，还有人认为真足蛇也可能是蛇的祖先之一，被认为是最古老的蛇。