老鼠的祖先是东方晓鼠，这也是目前人类发现的最原始的鼠类，诞生于5000万年前的古新世时期，有着极为硕大的一对门牙，并且开始演化出类似老鼠的牙齿，化石就发现于中国安徽境内，可以说这是鼠类起源研究史上的一个重要转折点。

老鼠属于一种啮齿类动物，因此它们最显著的特点就是“啮”，也就是一对大颗的门牙，能够啃咬东西，而在70年代的时候，我国的安徽境内潜山县就发现了一种开始显现“啮”特征的牙齿化石，当时出土的化石中包含了一对大型门牙，并且科学家发现它其他的牙齿已经开始有了退化的迹象，就像蛇的祖先也是将四肢退化后才成为现代蛇一样，这表明东方晓鼠已经开始有了啮齿类动物的特性和习性，很可能就是老鼠的祖先之一。

并且由于东方晓鼠这种颊齿和门齿不同啃咬机制的结构和现代啮齿类太像，使得学界也越来越认同它就是老鼠最初的样子，甚至认为啮齿类动物的祖先都可能与它有着极为亲密的关系，并且之后科学家也再次在湖南省发现了钟健鼠的化石，这种同样是远古鼠类的物种也再次验证了东方晓鼠就是老鼠祖先的论点。

为什么说钟健鼠化石的发现就验证了东方晓鼠的祖先位了，因为钟健鼠虽然也是远古的一种极为原始的鼠类，诞生于始新世时期，甚至比副鼠类动物都还要更古老，属于啮齿类祖先的源头之一，而就是这样一个古老物种，它的颅骨化石还和东方晓鼠的颅骨有着非常大的相似之处，其次就是它们的臼齿也拥有着差不多的结构。

当然如果是想要追溯老鼠更早时期的祖先，那么从源头来看就需要搞清楚啮齿类动物的祖先是什么动物，曾经佛罗里达大学的专家发现了一种已经灭绝已久的哺乳动物化石，将其颅骨解剖分析之后惊奇的发现它有着和现代啮齿类、幻鼠类一样的特征，甚至连灵长类的部分特征它也具备，它长有非常修长的两根趾骨，并且牙齿中也有一对极为硕大的类似开瓶器的门牙，因此科学家认为它很可能是啮齿类动物的祖先之一。