一般来说鸟的祖先是始祖鸟，但是这一说法也曾经遭受质疑，在2011年中国古生物学家徐星发表了一篇论文，认为始祖鸟与近鸟龙类关系更近，属于有羽恐龙的一种，但是过去有长达百年的时间，人们都认为始祖鸟是最早的鸟类，并且也有大量的鸟类独有骨骼衍征在恐龙化石中发现，所以它们的界限并不清晰。

如果是按照百年来公认的说法来看，那么始祖鸟绝对是目前发现的最早的现代鸟类，也就是鸟类的第一祖先，毕竟它们都有着很多相似的特征，比如它们都是全身长有羽毛，并且始祖鸟已经长出了初级飞羽，次级飞羽，甚至是尾羽和复羽等，能够实现简单的滑翔或者低空飞行，脑袋和现代的鸟类非常相似，嘴巴极为尖锐。

但是始祖鸟还是拥有着一些鸟类的过渡性特征，比如它的嘴巴并非是长成角质喙，而是长有少量牙齿，其次就是它的前肢有三块掌骨几乎没有完全愈合成全腕掌骨，只有第三掌骨愈合，但是第一、第二并没有，不过也有科学家认为这可能正好说明了鸟类是由爬行类演化而来的，因此也就是说恐龙和鸟类本身就有着非常近的亲缘关系，所以鸟类演化的界限也比较模糊。

所以始祖鸟是否真的属于恐龙这一问题也就引起了科学家的争论，最终在2011年的时候，中国著名古生物学家徐星在《自然》上发表了文章，文章中认为始祖鸟应该属于一种带羽恐龙，而并非鸟类，但是在同年年底也有部分国外专家对此发表了意见，并且进行了分析，最终还是认为始祖鸟属于鸟类的祖先。

其实这也是可以理解的，因为现在有越来越多的带有羽毛的恐龙化石出土，比如体型最大的华丽羽王龙，还有体型小至10厘米的树息龙等，它们几乎全身都长满了羽毛，只是和现代鸟类不同的是，它们生长的大多不是飞羽，只能起到保暖或者求偶的作用，而这也就说明鸟类和恐龙的分界线将会越来越模糊。