新疆有着许多条河流，每条河流都有其独特之处。这些河流对于新疆发展都起到促进作用，玛纳斯河虽然不是新疆一条非常重要河流，但是对于新疆经济发展同样起着重要作用，玛纳斯河发源于新疆北部的天山山脉是西北地区一条内流河。

玛纳斯河流经地区主要地方是中国四大盆地之一准格尔盆地，是准格尔盆地较为重要一条河流，玛纳斯和流经地区地表十分复杂，地势十分崎岖。因此玛纳斯河落差十分巨大，再加上马纳斯和流经地区生态环境也是极其恶劣如果要在玛纳斯和发展行航运十分艰难。

玛纳斯和主要是依靠天山山脉冰川融水还有降水补给，如果没有山脉冰川融水补给，还有降水补给，或许就不会出现这样一条河流。玛纳斯河跨越山地、绿洲还有荒漠各种生态景观，在不同河段所观赏到生态景观都是不相同。

原本玛纳斯河所流经地区生态环境其实并不是非常恶劣。但是由于近年来人们过度开发玛纳斯河，现如今导致玛纳斯河所流经地区，生态环境大多是极其恶劣，特别是荒漠化现象，近几十年来荒漠化现象已经越来越严重，如果不加以保护，荒漠化现象将会越来越严重。

虽然玛纳斯河水能资源并不是十分丰富，但是还是可以大力开发玛纳斯河水能资源。现如今主要开发方式是在玛纳斯和修建水库，为玛纳斯河流域地区棉花种植提供水源，使得玛纳斯河流域地区棉花产量多。如果没有修建水库或许新疆就没有非常多棉花。

而对于玛纳斯河保护，首先就是要保护马纳斯河流经地区生态环境。因为玛纳斯河流域地区生态环境十分脆弱，一旦受到严重破坏，其损失将是无法估量，其实由于马纳斯河流域地区荒漠化现象越来越严重，因此也要对玛纳斯河流域地区荒漠化现象进行遏制。