公元1219年的秋天，成吉思汗率领蒙古骑兵对中亚的花剌子模王国发动了西征，在残酷的战争结束之后，成吉思汗将中亚的土地赐予二子察合台，统治中亚地区数百年的察合台汗国就这样诞生了。察合台汗国的历史非常坎坷，在开国君主察合台去世后，汗国几乎没有出现过一位特别强势的君主，没有一位大汗可以长时间统治汗国。

在察合台汗国建立初期，其汗国一直饱受海都之乱带来的困扰，窝阔台汗国的创建者海都企图挑战元帝国的权威，并且拉拢察合台汗国一起反对忽必烈。在那段时期，海都占领了察合台汗国的许多土地，并且干涉察合台汗国的内政，汗国的统治者都对海都敢怒不敢言。

到了公元1301年，海都之乱被元朝军队平定，察合台汗国的大汗都哇立即率领军队收复了被海都占领的土地，窝阔台汗国宣告灭亡。都哇去世之后，蒙古贵族对察合台汗国的汗位进行了反复争夺，直到1330年的时候，都哇的幼子答儿麻失里成为了察合台汗国的新大汗。

答儿麻失里的登基成为了察合台汗国命运的转折点，虽然他的名字来自于佛教梵语，可是答儿麻失里确是一位虔诚的穆斯林，当时生活在河中地区的蒙古部族已经完成了突厥化，他们在和河中人的朝夕相处下开始改宗伊斯兰教，并且放弃了成吉思汗法典。

在当时的察合台汗国境内，生活在河中地区的蒙古部族已经放弃了蒙古人的语言和习俗，他们迷恋城市的生活，并且开始自称为察合台人。而生活在伊犁河流域的蒙古人仍然过着逐水草而居的游牧生活，仍然以成吉思汗法典为行为准则，这些人被定居的察合台人称为蒙兀儿人。

答儿麻失里的该宗为察合台人和蒙兀儿的决裂埋下了伏笔，到了1334年的时候，生活在伊犁河流域的蒙兀儿人开始反抗答儿麻失里的统治，游牧民的骑兵涌入了察合台人聚集的河中地区，并且杀死了答儿麻失里。答儿麻失里的去世标志着察合台人和蒙兀儿的决裂，生活在汗国东部的蒙兀儿人扶持成吉思汗的七世孙秃鲁黑为汗，建立了东察合台汗国。

察合台汗国分裂后，察合台人和蒙兀儿的矛盾也愈演愈烈，经常因为一些琐事就大打出手，察合台人称呼蒙兀儿人为“强盗”，指责蒙兀儿人经常掠夺察合台人的商队。而蒙兀儿则称呼察合台人为“杂种”，因为察合台人的祖先进入河中后，和当地的突厥人已经塔吉克人进行了融合，因此血统十分复杂。

东察合台汗国的大汗秃鲁黑登基后不久，便率军远征河中地区，当时西察合台汗国的汗位已经被突厥化蒙古部族操控，察合台的子孙成为了突厥化蒙古人的傀儡汗，秃鲁黑对河中的征服运动也为标志着同为成吉思汗后裔的察合台人和蒙兀儿近一个多世纪的内战正式爆发。

而秃鲁黑对河中的征服还唤醒了另一位“战争狂魔”的欲望，秃鲁黑攻陷撒马尔罕后，当时只有二十六岁的“瘸狼”帖木儿选择向蒙兀儿人效忠，可是蒙兀儿人却对这位出身突厥化蒙古巴鲁剌思部的年轻人极不信任，导致帖木儿开始带领察合台人反抗蒙兀儿的统治。

在帖木儿成为河中的统治者之后，他多次率领察合台人向蒙兀儿人发动战争，并且焚毁了东察合台汗国的国都阿力麻里，察合台人和蒙兀儿人之间的战争达到了高潮，可是凶悍的帖木儿一直没有彻底消灭蒙兀儿人的军事力量，在帖木儿去世之后，东察合台汗国的军队又开始活跃于中亚地区。

公元1472年，东察合台汗国的王子羽奴思汗在帖木儿后裔的支持下成为了东察合台汗国的大汗，察合台人和蒙兀儿人的关系开始逐渐正常化，并且开始相互通婚，可是不久后察合台人的帖木儿帝国在乌兹别克人的打击下灭亡，末代君主巴布尔前往印度建立了莫卧儿帝国。