祝姓主要有三大起源，一是源自祁姓，西周时期，周武王赐封尧帝的后裔于祝地，后来以国和地为姓，后裔便改为了祝姓。二是源自任姓，颛顼的孙子重黎由于担任火正这一官职，又被称为祝融氏，所以后代以祝为姓。三是源自古代祭司官位，又称为巫祝，最终简化为祝姓。

1. 源自祁姓

在西周时期，周武王姬在平定战乱之后，为了表彰先圣，于是将黄帝、尧帝等先人的后裔都进行了分封，其中尧帝的后裔被封于祝地，也就是现在的山东禹城，最终成立了祝柯国，后来被齐国所灭，最终遗民便以祝柯氏为姓，后来简化为祝姓，并且传承给了后代。

2. 源自任姓

这也是祝姓最为古老的一支起源，最早可以追溯到黄帝后裔颛顼的孙子重黎，他当时担任部落中的“火正”一职，主要负责掌管部落中的火，帝喾认为他劳苦功高，就像火一样发光融化天下，所以将其称为祝融氏，最终重黎的后代也就以祝融氏为姓，现代时简化为祝姓。

3. 源自古代祭祀官职

祝姓也有部分族人是因为祖先担任祭司官职“巫祝”，才以“祝师氏”“巫史氏”“巫祝氏”等为姓，最终也在多省文中被简化为了单字祝姓，最终形成了祝姓氏族的一脉。

4. 源自少数民族改姓

与赵姓起源和来历类似，祝姓氏族中也有部分是由少数民族改姓而来，其中包括了鲜卑族、满族、蒙古族以及回族等，最为典型的就是鲜卑族中的拓跋部，其中有一个叫做吐缶氏的族群，后来在北魏孝文帝在位的时候，因为推行汉化政策而改姓为祝。还有满族中的喜塔喇氏后来也改为了祝姓，不过满族都是在清朝中期才改汉姓的。